Малахитовый зал получил название по установленной в его центральном арочном пространстве крупнейшей в мире глыбе малахита массой 1504 килограмм, пожалованной императрицей Екатериной II.
С этого зала начинается систематическая коллекция минералов. Она включает в себя более 2200 минеральных видов и разновидностей минералов, около 55 тысяч образцов. Экспонаты расположены в порядке кристаллохимической классификации и представляют месторождения многих стран мира.
В классе самородных элементов - важные рудные минералы, такие как золото, платина, серебро и медь в виде редко встречающихся кристаллов, проволочных и дендритных форм, а также самородков разной величины. Широко представлены и неметаллические минералы этого класса – алмаз, сера, графит.
В числе экспонатов – самый крупный из хранящихся в музеях России самородок меди массой более 800 килограмм, носящий название «Медвежья шкура» за свою характерную внешность.
Модели крупнейших российских золотых самородков напоминают о том, что во времена Российской Империи они хранились именно здесь, в Горном музее.
Важное место в этом зале принадлежит кварцу – одному из важнейших нерудных минералов.