В 1918 году, когда советское правительство переехало из Петрограда в Москву, Горный музей за весьма короткий период времени лишился части ценнейших предметов, которые были переданы в Алмазный фонд. Тем не менее, работы по пополнению коллекций естественно-научного хранилища не прекращались и уже к началу 1941 года в них насчитывалось 130 014 экспонатов, 25 540 из которых были выставлены в залах и представляли собой образцы минералов, горных пород, ископаемых, моделей и макетов горной и горнозаводской техники. Горный музей в то время не уступал по популярности Эрмитажу и Царскому Селу. В его стенах ежедневно проводились экскурсии и готовились новые выставки.
Несмотря на то, что культурные учреждения города существовали в привычном ритме, окончательные планы по эвакуации всех музеев Народным Комиссариатом просвещения были сформированы ещё за пять лет до начала Великой Отечественной. Обеспокоенные музейщики неоднократно направляли письма в Наркомпрос с просьбой пересмотреть утвержденную стратегию. Было совершенно не ясно, что спасать в первую очередь, а главное на чем. Так некоторым крупным музеям по плану было выделено всего по одному вагону. Однако в ответ поступали лишь отказы и обвинения в паникерских настроениях.
Когда же война началась, во все музеи тут же поступила директива: «Ценности при эвакуации разделить на три части». При этом критерии, по которым должна происходить сортировка, указаны не были. Поставленные в тупик руководители приняли решение на свой страх и риск выделить наиболее и наименее ценные экспонаты, а также последовательность их вывоза. Ответственность за сохранность музейного наследия полностью легла на их плечи. О том, что предпринималось для сбережения наиболее ценных экспонатов, писал в своих воспоминаниях директор музея Гавриил Сократов:
«Особую трудность представлял вопрос с эвакуацией экспонатов, находившихся в сейфе музея (самородки платины, золота и серебра; алмазы и др.), ценность которых была неизмерима. Попытки привлечь к содействию некоторые городские организации успеха не имели. Было категорически предложено организовывать вывоз и сохранность их своими силами. Учитывая сложность специальной транспортировки и охраны их, было решено выйти из трудностей создавшегося положения путем строжайшего засекречивания местонахождения сейфовых ценностей».
Операция по спасению главных ценностей музея проходила в условиях повышенной секретности. В курс дела были посвящены всего три человека. Среди них директор Горного института Дмитрий Емельянов, начальник спецотдела Родионов и сам Сократов. Последний лично уложил самородки в сейф, который затем поместил в большой ящик вместе с другими экспонатами.
Сверху на них уложил образцы различных кристаллов, а на крышке поместил надпись: «Коллекция естественных кристаллов». Этот ящик вместе с другой частью собрания, уложенной в 59 контейнеров, общим весом более четырех тонн в начале июля 1941 года были отправлены в Свердловск.
Прибывшее из Ленинграда имущество разместилось в помещениях Свердловского Горного института. В числе эвакуированных ценностей были не только образцы драгоценных металлов и камней, но также коллекция холодного оружия, наиболее ценные минералогические образцы и художественные предметы из камня и металла.
Вслед за первой партией планировалось вывезти и вторую часть груза. Для этих целей образцы минералов тщательно упаковали, уложили в ящики и спустили в подвальные помещения, где они и простояли всю войну. В связи с начавшейся полной блокадой Ленинграда возобновить их транспортировку уже было невозможно.
Наиболее крупные и тяжелые экспонаты, а также те которые требовали особых условий хранения, вынуждены были оставить непосредственно в залах музея. Горная и горнозаводская техника, полуторатонная глыба уральского малахита, образцы солей и скелеты крупных животных продолжали находиться в стенах хранилища. За их сохранностью на протяжении всего военного времени следили три сотрудницы. Одна из них Марина Штейнгаузен стала свидетелем попадания снаряда в Колонный зал музея 2 апреля 1942 года. Спустя полгода на крыше того же зала разорвались два снаряда, попавших туда во время артиллерийского обстрела города.
Результатом этих событий стали сорванная кровля, поврежденные стропильные фермы, балки чердачного перекрытия, лепка карниза и часть гипсовых капителей колонн, поддерживавших хоры. Самым существенным уроном было обрушение потолка вместе со штукатуркой и частью живописного плафона работы художника Дж.-Б. Скотти, украсившего монументальной живописью многие дворцы Санкт-Петербурга.
Для того чтобы сохранить возможность восстановить поврежденный плафон в будущем, с уцелевших фрагментов необходимо было сделать копии. Именно этими работами в редкие минуты затишья между обстрелами, в холодном промерзшем зале на временных лесах занимался художник комиссии по охране памятников Щербаков. Он успел снять кальки с провисших фрагментов плафона и сделал копии наиболее пострадавших частей. После чего значительный фрагмент росписи обвалился. Тем не менее, по сделанным картонам и калькам после войны плафон был восстановлен в кратчайшие сроки.
Наиболее сильно за военные годы в музее пострадали экспонаты, оставшиеся в залах. Полностью утраченной оказалась коллекция минеральных солей – они растворились, поскольку почти год помещение простояло с временной кровлей и без отопления. Кроме того, был разрушен уникальный полутораметровый кристалл берилла.
После снятия блокады, летом 1944 года Гавриил Сократов лично курировал возвращение экспонатов Горного музея обратно в Ленинград с Черемхово, сопровождая вагоны с ценным грузом. А уже к 175-летнему юбилею Горного института, спустя три года после окончания войны, залы музея вновь открылись для посетителей. Полное восстановление экспозиций завершилось через десять лет.
К 76-й годовщине Великой Победы в Горном музее Петербурга открылась экспозиция, посвященная наиболее значимым научным разработкам и исследованиям Горного института, которые велись в ходе Отечественной войны.
Среди них изобретение и производство для Ленинградского фронта, не имеющего аналогов взрывчатого вещества «Синал – АК». За годы войны на территории учебного заведения было сделано свыше 330 тысяч ручных гранат и несколько десятков тысяч мин. Велась работа по получению «оборонных металлов» - молибдена, никеля, меди, кобальта и платиноидов.
